First…

A few things I should have mentioned yesterday…

Expectations for your data product & its repo

• You will use a project board to transparently manage the project.

• You will have a Code of Conduct and a Contributing file in the root of the project’s repo.

• You will work in a branch-pull request fashion, where master is protected (if your tooling allows for that) and someone other than the pull request creator reviews and merges the pull request. Code should be pushed to the branch being worked on at the end of every work session.

• Code should follow the DRY principle, and there should be unit tests for every function.

• Code is reproducible from end-to-end and from machine-to-machine.

• All project-related communications that have implications related to decisions about the project should be linked to the project via issues.

• all this is documented here in DSCI_591_capstone-proj_students/final/final.md#mechanic-expectations

TL;DR - do all the good things you learned about in your project courses!

How to get bigger data into R or Python?

Question - you are given a .csv file and asked to analyze it with R or Python, how do you load it into one of those languages?

What do you do if your file is too big to preview in an editor?

This data file that I analyzed during my postdoc is 841256 lines long, & very wide.

Totaling 6.8 GB in memory!

ls -l data/

-rw-r--r--@ 1 tiffany  staff  6880914287  4 May 15:50 MMP.vcf

Here the terminal/Git Bash is your friend!

Navigate to the file, and use the head command to show the first 6 lines of the file:

head data/MMP.vcf

##fileformat=VCFv4.1
##fileDate=20130317
##source=MMP_combined_calls
##reference=ftp://ftp.wormbase.org:/pub/wormbase/releases/WS230/species/c_elegans/c_elegans.WS225.genomic.fa.gz
##contig=<ID=I,length=15072423,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">
##contig=<ID=II,length=15279345,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">

View more than 6 lines of code

head -n 10 data/MMP.vcf

##fileformat=VCFv4.1
##fileDate=20130317
##source=MMP_combined_calls
##reference=ftp://ftp.wormbase.org:/pub/wormbase/releases/WS230/species/c_elegans/c_elegans.WS225.genomic.fa.gz
##contig=<ID=I,length=15072423,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">
##contig=<ID=II,length=15279345,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">
##contig=<ID=III,length=13783700,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">
##contig=<ID=IV,length=17493793,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">
##contig=<ID=V,length=20924149,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">
##contig=<ID=X,length=17718866,assembly=WS225,species="Caenorhabditis elegans">

What if the top of the file isn’t helpful?

Try the bottom!

tail data/MMP.vcf

X       15868167        gk938734        G       A       222     PASS    DP20=13;CMQ=60;ACGTN=13,0,0,0,0;GF=coding_exon;SN=F53H4.4;PN=F53H4.4;AAC=G->R;GRANT=125;GERP=3.81;PHYLOP=2.420;PHASTCONS=0.985;      GT      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     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And if neither?

Combine these to checkout the middle using the unix pipe!

head  -n 1000 data/MMP.vcf | tail -n 1

V       20787744        gk953102        C       T       76.5    PASS    DP20=4;CMQ=60;ACGTN=0,0,0,4,0;GF=intergenic;SN=V;PN=V;AAC=NA;GRANT=NA;GERP=NA;PHYLOP=NA;PHASTCONS=NA;   GT  0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0 0/0      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     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So now you know the arguments for reading data…

…but what is your weapon of choice in R?

• In R, readr::read_csv has marked speed performance over read.csv

• Also, the new vroom package looks like its well worth trying out

So now you know the arguments for reading data…

…but what is your weapon of choice in Python?

• In Python, pandas.read_csv has marked speed performance over numpy or csv functions

• The new datatable package (dt.fread function) may even be faster, and you can convert datatables to pandas and numpy objects once they are read into Python

So now you have your bigger data into R/Python…

But its painfully slow to do anything… what to do now?

What to do when code is slow?

mtcars %>% lm(mpg ~ wt + cyl, .)

# Sample
mtcars %>% dplyr::sample_n(10) %>% lm(mpg ~ wt + cyl, .)

# Profile
profvis::profvis(mtcars %>% lm(mpg ~ wt + cyl, .))

# Scale Up
cloudml::cloudml_train("train.R")

# Scale Out
mtcars_tbl %>% sparklyr::ml_linear_regression(mpg ~ wt + cyl)

Attribution: Javier Luraschi’s talk slides from SDSS 2019

Work with a subset of your data

# Sample
mtcars %>% dplyr::sample_n(10) %>% lm(mpg ~ wt + cyl, .)

• Create a smaller version of the data set

• Use this to write (and debug your code)

• Once your code is working from end-to-end, then run the large data set through it

• Always use this strategy when working with bigger data!

Examine your code for bottlenecks

# Profile
profvis::profvis(mtcars %>% lm(mpg ~ wt + cyl, .))

• Provis - is an interactive tool for visualizing code speed in R

• In Python, recommended tools include the Python profilers, timeit

• Can be worth doing before moving onto the next stage of speeding up your code.

Get a bigger computer

# Scale Up
cloudml::cloudml_train("train.R")

Hitchikers guide to the Galaxy’s enormous supercomputer’s (Deep Thought) answer to the “Ultimate Question of Life, the Universe, and Everything”.

Get a bigger computer

• Use a more powerful laptop/desktop…

• Rent a larger computer from a cloud provider

• Your code doesn’t have to change for this, it just needs to be moved to the bigger computer!

Source

Get more computers

# Scale Up
cloudml::cloudml_train("train.R")

Get more computers

• Data and computation gets spread across many machines.

• In practice, nowadays Apache Spark is your weapon of choice, used via your languages API (e.g., sparklyr, PySpark).

• Apache Arrow is a new distributed data frame object that speeds Apache Spark further.

• The distributed data and computation makes code much more complex, thus you will find yourself likely using a limited number of canned functions for data manipulation (e.g., dplyr frontend of sparklyr) and machine learning (via sparklyr, PySpark or https://www.h2o.ai/) as opposed to writing code from scratch.

• Infrastucture can be complex and difficult to setup.

• Use as your last resort!

Leading Spark cloud platforms